Конференция Сторон инициировала работу по семи тематическим программам, включая сельскохозяйственное биоразнообразие, биоразнообразие засушливых земель, биоразнообразие лесов, биоразнообразие внутренних вод, биоразнообразие островных экосистем, морское и прибрежное биоразнообразие, биоразнообразие гор. Для каждой программы определяются основные руководящие принципы работы, ключевые вопросы для обсуждения, ожидаемые результаты, предлагаются режим работы, методы и способы достижения целей.

Выполнение программ возложено на стороны, Секретариат Конвенции, соответствующие международные и другие организации.По результатам проведенной работы тематические программы периодически пересматриваются Вспомогательным органом по научно-техническим и технологическим консультациям (ВОНТТК) и Конференциями Сторон.